多次使用知网查重工具可能会导致问题的主要原因在于知网对于重复内容的敏感度较高，反复使用查重工具会增加文章被判定为抄袭的概率。此外，频繁查重也会消耗知网的查询次数，可能导致账号被封禁或限制使用。为避免这些问题，建议在文章初稿阶段进行查重，避免在最终定稿时频繁使用查重工具。

解决多次使用知网查重可能导致问题的方法有多种。首先，可以尝试使用其他查重工具进行文章查重，减少对知网的频繁查询。其次，合理规划文章写作时间，避免在最后阶段才进行查重，减少重复查询的次数。另外，注意保留查重记录，及时清理不必要的查询记录，以减少查重次数。总之，合理使用查重工具，避免频繁多次使用同一工具可以有效解决查重可能导致的问题。